Basic Sources on Kapparot

האי פרפיסא - עציץ נקוב שזרעו בו ובתשובת הגאונים מצאתי שעושין חותלות מכפות תמרים וממלאין אותם עפר וזבל בהמה וכ"ב או ט"ו יום לפני ר"ה עושין כל אחד ואחד לשם כל קטן וקטנה שבבית וזורעים לתוכן פול המצרי או קיטנית וקורין לו פורפיסא וצומח ובערב ר"ה נוטל כל אחד שלו ומחזירו סביבות ראשו שבעה פעמים ואומר זה תחת זה וזה חליפתי וזה תמורתי ומשליכו לנהר:

This parpisah- It is a perforated flower pot in which people plant. In the responsa of the geonim I found that they made baskets with palm leaves and filled them with dust and dung. And 22 or 15 days before Rosh Hashanah they would make one of these for every minor in the home. And they would plant in it, Egyptian bean or another legume and they call it "porpisah". After it sprouts, on Rosh Hashanah, each takes his or her own and spins around his/her head seven times and says: "This is instead of this, this is my replacement, this is my exchange" and then flings it into the river.

(א) יש מקומות שנוהגין לשחוט תרגגול לכפרה וכן יש בתשובת הגאונים וששאלתם שאנו נוהגין לשחוט ערב יום הכפורים תרנגול ואין אנו יודעין מנהג זה למה אי משום תמורה מאי שנא תרנגול מבהמה וחיה הא ודאי קושיא הוא אלא שיש בה שני טעמים:

1 אחד שהתרנגול מצוי בבית יותר מכל בהמה חיה ועוף ועוד יש במקומות עשירים שעושין תמורת אילים ועיקר בעלי קרנים דמות אילו של יצחק אבינו לפיכך לא דבר קבוע הוא

2 ועוד שמענו מחכמים הראשונים שאע"פ שבהמה דמיה יקרים יותר מתרנגול אעפ"כ תרנגול מובחר לפי ששמו גבר כדאמרינן (ביומא כ.) מאי קרא גברא אמר רב שילא קרא תרנגולא וכיון ששמו גבר תמורת גבר בגבר מהני ומעלי

(א) מַה שֶּׁנּוֹהֲגִים לַעֲשׂוֹת כַּפָּרָה בְּעֶרֶב יוֹם כִּפּוּרִים לִשְׁחֹט תַּרְנְגוֹל עַל כָּל בֵּן זָכָר וְלוֹמַר עָלָיו פְּסוּקִים, יֵשׁ לִמְנֹעַ הַמִּנְהָג. הַגָּה: וְיֵשׁ מֵהַגְּאוֹנִים שֶׁכָּתְבוּ מִנְהָג זֶה, וְכֵן כָּתְבוּ אוֹתוֹ רַבִּים מִן הָאַחֲרוֹנִים, וְכֵן נוֹהֲגִין בְּכָל מְדִינוֹת אֵלּוּ וְאֵין לְשַׁנּוֹת, כִּי הוּא מִנְהַג וָתִיקִין. וְנוֹהֲגִין לִקַּח תַּרְנְגוֹל זָכָר לְזָכָר, וְלִנְקֵבָה לוֹקְחִין תַּרְנְגֹלֶת (בֵּית יוֹסֵף בְּשֵׁם תַּשְׁבֵּ''ץ), וְלוֹקְחִין לִמְעֻבֶּרֶת ב' תַּרְנְגוֹלִים אוּלַי תֵּלֵד זָכָר; וּבוֹחֲרִין בְּתַרְנְגוֹלִים לְבָנִים, עַל דֶּרֶךְ שֶׁנֶּאֱמַר: אִם יִהְיוּ חֲטָאֵיכֶם כַּשָּׁנִים כַּשֶּׁלֶג יַלְבִּינוּ (יְשַׁעְיָה א, יח) וְנָהֲגוּ לִתֵּן הַכַּפָּרוֹת לַעֲנִיִּים, אוֹ לִפְדּוֹתָן בַּמָּמוֹן שֶׁנּוֹתְנִים לַעֲנִיִּים (מַהֲרִי''ל). וְיֵשׁ מְקוֹמוֹת שֶׁנּוֹהֲגִין לֵילֵךְ עַל הַקְּבָרוֹת וּלְהַרְבּוֹת בִּצְדָקָה, וְהַכֹּל מִנְהָג יָפֶה. וְיֵשׁ לְהַסְמִיךְ שְׁחִיטַת הַכַּפָּרוֹת מִיָּד לְאַחַר שֶׁהֶחֱזִירוֹ עָלָיו. וְסָמַךְ יָדָיו עָלָיו, דְּמוּת הַקָּרְבָּן; וְזוֹרְקִין בְּנֵי מֵעֵיהֶם עַל הַגַּגּוֹת אוֹ בֶּחָצֵר, מָקוֹם שֶׁהָעוֹפוֹת יְכוֹלִין לָקַחַת מִשָּׁם (טוּר).

(1) That which [people] are accustomed to perform kapparah before Yom Kippur by slaughtering a rooster on each male and to say verses over it, you should prevent the custom. Ramah: And there are those from the Geonim that write about this custom, and similarly it is written from many Achronim [Rishonim], and so is the custom in all these countries [Ashkenaz] - and you shouldn't change, for it is an ancient custom. [more untranslated.]

First printing of the Shulchan Aruch (1578) in which R' Joseph Karo calls the practice "a foolish custom".