We learned in the mishna: One may not shake his clothes on Shabbat to rid them of lice; and one may not read a book by candlelight, so that he will not come to adjust the wick of the lamp. A dilemma was raised before the Sages: Does this mean that one may not shake his clothes even during the day due to the concern lest he kill the louse that he finds in his clothing, and our mishna is in accordance with the opinion of Rabbi Eliezer? As it was taught in a baraita that Rabbi Eliezer said: One who kills a louse on Shabbat, even though it is a very small creature, it is as if he killed a camel, and there is no difference in the severity of the prohibition. And what was said in the mishna: And he may not read by candlelight, is due to concern lest he adjust the wick, a totally independent matter. Or, perhaps both of these halakhot are due to the concern lest he adjust the wick, and both halakhot apply exclusively at night. During the day he is permitted to shake his clothes, and there is no concern lest he kill a louse.
רא"ש מסכת שבת א:כ"ט
הלכך הלוקח כינה מעל בשרו בשבת או מעל חלוקו מותר להרגה כב"ה אבל במפלה את כליו להסיר מהם פרעושים וכנים פליגי הני תנאי ת"ק סבר דגזור הריגה דכנים אטו הריגה דפרעושים ואבא שאול מחמיר לגזור אפילו במלילה דכנים אטו פרעושים...
ורש"י פירש בשם רבותיו דבשבת מיירי על זה נהגו להקל להרוג כינה אפילו במפלה כליו... דפשיטא דמותר להרוג כינה בשבת כב"ה דמתירין מיהו תימה היאך פליגי אהני תנאי דתרוייהו אסרי הריגת כינה במפלה כליו ואפשר דאיירי במפלה ראשו דהתם לא גזרינן כנים אטו פרעושים שאין פרעושים מצוין בראש
הר"ן על הרי"ף מסכת שבת דף ה עמוד א
והני תרי תנאי דח"א מולל וזורק וח"א נוטל וזורק כר"א ס"ל אלא דמר גזר מלילה אטו הריגה ומר לא גזר ור' אליעזר כב"ש סבירא ליה דאמרי אין הורגין דרבי אליעזר שמותי הוא ופירושו מתלמידי ב"ש כדמוכח בהדי' בירושלמי בפ"ק דביצה [ה"ד] דאף על גב דרבי אליעזר תלמידו של רבי יוחנן בן זכאי היה ורבן יוחנן תלמידו של הלל וכדאיתא בפרק יש נוחלין [דף קלד א] שמא חזר ושמש את שמאי או אחד מתלמידיו או שחזר ונמנה עמהן הלכך לא קיימא לן לא כרבי אליעזר ולא כהני תרי תנאי אלא כב"ה דשרו
(ט) פרעוש הנקרא ברגות בלשון ערב אסור לצודו אא"כ הוא על בשרו ועוקצו ואסור להרגו: הגה ואף לא ימלילנו בידו שמא יהרגנו אלא יטלנו בידו ויזרקנו [רבי ירוחם ני"ב ח"י] אבל כנה מותר להרגה והמפלה בגדיו מכנים לא יהרגם אלא מוללן בידו וזורקן אבל המפלה ראשו מותר להרגם:
(9) 9. A flea, which is called a Bargut in Arabic, may not be captured unless it is on one’s body and is biting, however, it may not be killed. RAMA: Furthermore, he should not squash it between his fingers for fear that he might kill it. Rather he should take it with one’s hand and throw it away. [R' Yerucham] Lice however may be exterminated. When cleansing one’s clothes from lice he must take care not to kill them, rather he may squash them and throw them away. When cleansing his head he is permitted to kill them.
(ה) לא יהרגם - עיין במ"ב הטעם וכתב בהגהות הגר"ח צאנזאר אבל רש"י והרמב"ן והר"ן [וכן הריטב"א] והה"מ לדעת הרמב"ם מתירין וה"ל הרא"ש יחיד לגבייהו ובמילתא דרבנן כנלענ"ד וכ"ש שהרא"ש בעצמו כתב שנהגו להקל עכ"ל וכן מוכח בשבולי לקט סי' קכ"ד דלא הביא כ"א ההיא ברייתא דרשב"א וכן מוכח באור זרוע הלכות ערב שבת שכתב דברייתא דב"ה פליגא אאידך ברייתא וכן מוכח דעת המאירי עי"ש וכתב דלא חיישינן לפרעושים שאינו מצוי לפלות מהם דמיד הם בורחים וכן בבה"ג וסמ"ג לא הביאו כ"א דינא דברייתא מוכח מכ"ז דלא ס"ל הא דהרא"ש אח"כ מצאתי בא"ר שגם הוא הביא שהרבה ראשונים מתירין בזה וע"ז סמכו העולם להקל ומ"מ סיים דירא שמים יש לו להחמיר כדעת הרא"ש והטור:
שיטות המחמירים
חולין סז, ב
קוקיאני אסירי, מ"ט - מעלמא אתו. מתקיף לה רב אשי: אי מעלמא אתו, לישתכחו דרך בית הריעי. והלכתא: קוקיאני אסירי, מ"ט - מינם ניים, ועיילי ליה באוסייה תולעים. דרני דבשרא - אסירי, דכוורי - שריין. מאי שנא מהא דתניא ואת נבלתם תשקצו - לרבות את הדרנים שבבהמה? א"ל: הכי השתא! בהמה - בשחיטה הוא דמשתריא, והני, מדלא קא מהניא להו שחיטה - באיסורייהו קיימן; אבל דגים - באסיפה בעלמא מישתרי, והני כי קא גבלן - בהיתרא קא גבלן.
שבט הלוי ח"ד סי' פג
חז"ל ידעו ששם זה הולם רק תולעים שבודאי נבראו מתוך הבשר של דגים או של בהמה ואין ספק על מוצאם דודאי מיני' קא גבלי, וע"כ החליטו דשל בשר אסור דבשחיטה תליא, ושל דגים מותר, אבל סתם תולע הנמצא בתוך בשר הדג אין בידינו להתיר...ולא באתי כאן לקבוע אם עדותם נכון או לא דודאי פיהם דבר שוא ושכיח טעותא גביהו, מ"מ אם יתברר שכדבריהם כ"ה שיש תולעת כזה ושרשו מבחוץ אין לענ"ד בזה סתירה לדברי חז"ל הקדושים
R' Nebenzahl says something similar concerning killing lice on Shabbos (Yerushalayim BeMo'adeha II p.200). Relates to Nishtanu Hativin, often mentioned in regards to Niddah.


מאמר על דרשות חז"ל לר' אברהם בן הרמב"ם
לא נתחייב מפני גודל מעלת חכמי התלמוד ותכונתם לשלימות תכונתם בפי' התורה ובדקדוקיה ויושר אמריהם בביאור כלליה ופרטיה, שנטען להם ונעמיד דעתם בכל אמריהם ברפואות ובחכמת הטבע והתכונה, [ולהאמין] אותן כאשר נאמין אותן בפי' התורה, שתכלית חכמתה בידם, ולהם נמסרה להורתה לבני אדם ...אנחנו מוצאים להם אומרים שלא נתאמת ולא נתקיימו בגמ' דברי הרפואות, וכאבן תקומה וכיוצא בזה עניינים רבים שדברו במס' שבת וכו'. ...אמרו ז"ל בגמ' דפסחים...וכאשר שמע רבי הדברים האלה שהם תוצאות מן ההקדמות שחלקו בהם תחלה, הכריע דעת חאו"ה בראיה זו. ועתה התבונן מה שהורונו בברייתא זו, ומה יקר עניינה שלמדו. כי רבי לא הביט בדעת אלו אלא מדרך הראיות בלי להשים על לב [לא לח"י] ולא לחאו"ה. והכריע דעת חאוה"ע מפני ראיה זו שחשב כי היא ראיה מתקבלת. כי רבי לא פסק כדעת חאוה"ע, אלא שהכריע דעתם מדעת שיקול הדעת בראיה שזכרנו. זהו שאמר נראים דבריהם... ובאמת נקרא אדון זה רבינו הקדוש, כי האדם כשישליך מעל פניו השקר ויקיים האמת ויכריענו לאמיתו ויחזור בו מדעתו כשיתבאר לו הפכה אין ספק כי קדוש הוא.
שיטות המתירים
MichtavM’Eliyahu IV pg. 356
Chazal knew Halacha as tradition from earlier generations…but when they give naturalistic explanations those explanations are not obligating. Quite the opposite, it is the law which leads to the explanation; the reason mentioned in the Gemara is not the only possible reason for the issue. If they sometimes gave explanations based on the knowledge of nature in their times, we must search for other explanations which uphold the law according to the knowledge of nature in our times.



דרך בינה (ע' יח)
נשאל הגאון ר' חיים קנייבסקי שליט"א: מסכת שבת (ק"ז, ב') איתא שמותר להרוג כינה בשבת כיון "דאינה פרה ורבה", וכן הוא להלכה (או"ח סימן שט"ז במ"ב סקל"ח), והנה החוקרים אומרים כי היום נשתנו הטבעיים וכינים פרים ורבים, האם משום כך נשתנה הדין.
תשובה: דברי הבל. מה שאין רואים בדרך הרגילה שפרים ורבים - זה נקרא שאינם פרים ורבים, ומה שרואים ע"י מיקרוסקופ אין זה נקרא פרה ורבה. ע"כ