הרואה כהן גדול שהוא קורא – את קריאת התורה שתוארה במשנה הקודמת, ואינו רואה פר ושעיר הנישרפים – כך גם בדפוס נפולי, אך ברוב עדי הנוסח ללא וי"ו. האות וי"ו אינה וי"ו החיבור ובאה להדגשה בלבד, והדבר רגיל בכתב יד קופמן. הפר והשעיר נשחטו בתחילת היום והוכנו לשרפה לפני קריאת התורה. כך לפי הנוסח שלפנינו. לעיל הערנו כי הירושלמי הכיר גם נוסח ולפיו קודם קרא הכוהן בתורה ורק אחר כך הוכנו הפר והשעיר, ולפי שיטה זו אי אפשר ששרפת הפר והשעיר נערכה במקביל לקריאת התורה, ואכן בתוספתא שנביא להלן חכמים חולקים על משנתנו. מכל מקום, לפי משנתנו נשרפו הפר והשעיר במקביל לקריאה בבית הדשן הגדול מחוץ לחומת העזרה672לעיל, פ"ה מ"ז. , וכן נאמר במשנת זבחים (פ"ה מ"ב).
הרואה פר ושעיר הנישרפים אינו רואה כהן גדול שהוא קורא לא מפני שאינו רשאיי אלא שהייתה דרך רחוקה – עקרונית ניתן לראות את העבודות במקביל, אך מבחינה מעשית היה הדבר בלתי אפשרי בגלל המרחק שבין בית הדשן וההיכל. אמנם לא נאמר היכן קרא הכוהן הגדול בתורה, בפתח ההיכל או בעזרת נשים ואולי בחיל, הוא המתחם שסביב ההיכל (בבלי, סט ע"ב), בכל אופן אי אפשר להיות נוכח בו בזמן בקריאה ובבית הדשן שמחוץ לחומת הר הבית, ומלאכת שניהם היתה כאחת – שתי העבודות נעשו בו בזמן. נראה שבמקדש היה המון רב, רבים מתושבי ירושלים ועולי רגל רבים שעלו לחג הסוכות והקדימו את בואם. אלו באו לצפות בעבודת הכוהן הגדול. כבר לפנות בוקר הצטופף ההמון במקדש: "לא היתה מקרות (קריאת) הגבר מגעת עד שהיתה עזרה מליאה מישראל" (לעיל, פ"א מ"ח). התוספתא מספרת על זקיפים שהעמידו סביב בית הדשן הגדול "סביבות המערכה מפני דחק העם" (פ"ג [ד] הי"ז). הציבור נהר בהמוניו למקדש והתחלק עתה לשני מוקדי עניין, בית הדשן והמקדש גופו.
שרפת הפר בבית הדשן ולא במזבח היא חריגה וקשה, שכן מדוע זה יבחרו לעשות את המלאכה מחוץ לבית המקדש? לדעתנו השרפה בחוץ נועדה לפנות מקום וזמן לקריאת התורה של הכוהן הגדול המתרחשת באותו זמן. ברם, ספק אם זו מסורת תנאית, שכן מצינו גם את חכמים שאינם מקבלים מסורת זו: "ונשרפין בבית הדשן, דברי רבי ליעזר ורבי שמעון, וחכמים אומרים אין מטמאין בגדים, ואין נשרפין בבית הדשן, אלא האחרון הגומר את המלאכה בלבד" (תוס', יומא פ"ג ה"ו). קשה להניח שחכמים (מאוחרים יחסית, בני דור אושא) היו נחלקים לו הייתה זו מסורת. לפיכך, מתבקשת ההשערה שלפנינו שחזור ומבנה תאורטי. רבי אלעזר ורבי שמעון מניחים את ההנחה התאורטית שהכוהן הגדול עבד כמעט לבד ולפיכך לא יכול היה לקרוא בתורה וגם לטפל בשרפה673כפי שראינו במבוא יש להניח שליד הכוהן הגדול עזרו עוזרים מספר הנרמזים במקורות, אך עיקר תיאור העבודה מתמקד בכוהן הגדול. . על כן חיפשו פתרון שיאפשר לכוהן להתרכז במה שהיה לחכמים כה חשוב, בקריאת התורה, והפתרון הוא שליחת הפר לשרפה מחוץ למקדש. אבל, כפי שטענו במבוא למסכת יומא, הקריאה בתורה היא תוספת של ימי בית שני (אולי דווקא של פרושים – חז"ל), ובתורה אין היא נזכרת. טבעי הרבה יותר הוא שהשרפה של הפר והשעיר תיעשה במזבח. אלא שחכמים רצו לפנות זמן ומרחב לקריאת התורה, ומצאו לכך פתרון שמבחינה מקדשית הוא בעייתי ביותר (שרפת הפר במזבח חיצוני, שאיננו משמש, בדרך כלל, לעבודת הקודש אלא רק לשרפת קרבנות שנטמאו, פסולת קרבנות וכו' (משנה, זבחים פ"ו מ"א).