חלקו הראשון של הפרק (משניות א-ו) כולל הלכות קדומות, ומופיעים בו רבי אליעזר ורבי יהושע. ברם עריכתו מאוחרת, מסוף דור יבנה ואולי מדור אושא, כפי שנראה בדיון בכל משנה. החלק השני הוא סתמי, אך עיון במשניות מצביע על כך כי הן תלויות בשיטתם ההלכתית של חכמי אושא השונים כרבי שמעון, רבי נתן ורבי יהודה1ראו הסיכום בסוף הפרק., אך העריכה היא מאוחרת ויש לה אופי מגובש: מסירת הלכות בצורה סתמית ופסקנית, מבלי להזכיר את המחלוקות השונות. זהו כנראה סגנון עריכה של דור אושא, או של חכמים מיוחדים מדור זה.
חציו הראשון של הפרק עוסק בדיני פסח שני. כידוע, מי שהיה טמא או בדרך רחוקה פטור מקרבן פסח (במדבר ט ט). בניגוד לפרקים רבים אחרים המשנה פותחת בדין הכללי של פטור מקרבן פסח וחובת הבאת קרבן הפסח השני. זאת אף שברוב הפרקים המשנה מדלגת על הדין היסודי, הידוע לכול, ופותחת מיד בדיון בפרטים משניים2ראו למשל פירושנו לסוכה פ"א מ"א, ולעיל, פ"א מ"א ועוד.. לעומת זאת פרקנו מסודר יותר. הוא מתחיל בדין הכללי (מ"א), מגדיר מהי דרך רחוקה (מ"ב) ואחר כך פורט את דיני פסח שני (מ"ג). אגב הזכרת המקרה של אדם טמא המשנה דנה במקרה שרוב הקהל טמא, ומקריבים את קרבן הפסח בטומאה (מ"ד). מכיוון שנידונו ההבדלים בין פסח ראשון לשני המשנה מונה גם חלק מההבדלים שבין פסח מצרים (הפסח המתואר בשמות פרק יב) ופסח דורות (הוא הפסח הנוהג בימי חז"ל ובמקדש – מ"ה). להמשך הפרק אין נושא מוגדר, אלא הוא מעין לקט הלכות שעניינן הכללי מקרים של ספק: אם הוחלף הקרבן המיועד, אם אבד הקרבן, אם התערבבו קרבנות של חבורות שונות ושאלות דומות.
דיני פסח שני סדורים בספר במדבר, בעקבות פנייתם של אנשים מספר שהיו טמאים בפסח הראשון. זהו החג היחיד והמצווה היחידה שיש להם מועד נוסף, כך שמי שלא היה יכול לקיימם במועד רשאי וחייב לעשותם במועד השני. בלשון ההלכה המצב הזה מכונה "תשלומין", והוא קיים אמנם בכמה מצוות אחרות, אך באופן חלקי ביותר. כך, למשל, מי שלא אכל סעודת חג הסוכות בלילה הראשון רשאי, אולי, להשלימה בלילה האחרון (להלן סוכה פ"ו מ"ב, וחכמים חולקים)3לדיני פסח שני ראו תבורי, מועדים, עמ' 95-99.; מי שלא התפלל תפילה אחת רשאי להשלימה במועד התפילה הבאה, וכן מי שלא הביא קרבן חגיגה בשבועות רשאי להשלים את חובו לאחר החג4ראו פירושנו לחגיגה פ"ב מ"ד.. אך כל אלו אינם תחליפים למצווה מרכזית, ולמועד שלם. לפי התורה "... איש כי יהיה טמא לנפש או בדרך רחֹקה לכם או לדֹרֹתיכם ועשה פסח לה'. בחֹדש השני בארבעה עשר יום בין הערבים יעשו אֹתו על מצות ומרורים יאכלֻהו. לא ישאירו ממנו עד בֹקר ועצם לא ישברו בו ככל חֻקת הפסח יעשו אֹתו" (במדבר ט י-יא). אם כן פסח שני, או פסח קטן, הוא ביד באייר, ונזכרת לגביו חובת קרבן הפסח, המנוסחת במונחים קרובים לאלו של חובת הקרבן בפסח הראשון (שמות יב מד-מו). לעומת זאת אין בתורה התייחסות ליתר חובות החג כמו איסור חמץ, חובת מצה, ואף לא ליתר הקרבנות שחז"ל דרשו מהחוגגים להביא. בכל אלה תעסוק המשנה. אין במשנה חזרה או סיכום של הדין המקראי, וכאילו מרכיבים אלו ברורים וידועים.
מי שהיה טמא – התורה מדברת רק על טמא לנפש, אך היו מבין חז"ל שהבינו כי ההלכה חלה על כל מי שטמא, שכן טמא אסור בכניסה למקדש, אבל היו גם שצמצמו את ההלכה לטמא מת בלבד (תוס', פ"ח ה"א)5בספרי במדבר, סט, עמ' 64 ,לימוד מפורש על כך. אבל בספרי זוטא, בהעלותך י, עמ' 259 ,נרמז שרק טמא מת עושה פסח שני: "טמאין לנפש אדם – אין בתוכנו לא זבין ולא מצורעין", ספרי זוטא, בהעלותך ז, עמ' 259 , ובהמשך: "יכול כל הטמאין יהו עושים פסח שני... טמא מת עושה פסח שני אין כל אלו עושים פסח שני" (שם, י).. אין במשנה דיון בשאלה האם האדם חייב לטהר את עצמו, או שמא הוא רשאי להישאר טמא ובכך להיפטר מחובת הפסח הראשון והשני כאחד. או בדרך רחוקה – זהו המינוח המקראי, ולהלן במשנה הבאה יוגדר המונח. עד כאן הפסוקים והמשנה עוסקים במי שנאנס ולא עשה את הפסח הראשון. התוספתא מרחיבה את ההלכה: "האנוסין והשוגגין והמזידין... אם כן למה נאמר 'טמא או בדרך רחוקה', שבא הכתוב לפוטרו מן ההכרת" (תוס', שם). אם כן, כל אדם רשאי או חייב בפסח שני; מי שלא רצה לעלות לרגל (מזיד) חייב כרת, אך הוא גם רשאי לעשות פסח שני ובכך אולי יכופר חטאו. בירושלמי למשנתנו מובאות דרשות נוספות התומכות בכיוון פרשני מרחיב זה (לו ע"ד).
ולא עשה את הפסח הראשון, יעשה את הפסח השיני – לא רק מי שהיה טמא אלא גם מי ששגג או נאנס ולא עשה את הפסח הראשון יעשה את – הפסח, השיני אם כן למה נאמר – בתורה, טמא או בדרך רחוקה שאלו – מי שהיה טמא, או בדרך רחוקה, פטורים מן הכרת [ו]אלו חייבים בהכרת – שוגג או אנוס אינם חייבים בכרת. לפיכך, ניתן לפרש את המשנה בשתי דרכים. הדרך הראשונה היא שמי שהיה טמא או בדרך רחוקה ולא עשה גם את הפסח השני פטור מכרת, אבל מי שהיה שוגג או מזיד חייב בפסח שני. שכן הראשונים היו פטורים ממצוות החג, ואילו האחרים חייבים בהן, ומשבטלה הסיבה שבגללה לא הביאו קרבן הם חייבים בקרבן, ואם לא יביאוהו הרי הם חייבים בכרת. כך פירש הרמב"ם בפירוש המשניות.
דרך הפירוש השנייה היא שהמשנה מתכוונת גם למי שלא עשה פסח במזיד, וכמו שנאמר בתוספתא שצוטטה אדם זה יהיה חייב בכרת אם לא יעשה פסח שני. כך פירש הירושלמי, וכך הוא גם לפי אחד מהפירושים בבבלי (צב ע"ב - צג ע"א). מכל מקום, כמעט בכל המקורות מודגש שמי שלא עשה פסח שני פטור מכרת.
המשנה אינה מזכירה את המזיד6ראו גם אפשטיין, מבוא, עמ' 33., ולכאורה אין היא מתירה לו להביא פסח שני, לפיכך היה מקום לטעון שהפירוש הנכון הוא הראשון, וליצור בכך מחלוקת בין המשנה מצד אחד לבין התוספתא והתלמודים מצד שני. ברם, דומה שהעמדה זו חסרת יסוד. כפי שנראה להלן, הגדרת המושג "דרך רחוקה" הפכה כל מזיד לשוגג. לפי רבי אליעזר רק מי שנכנס למקדש חייב בקרבן פסח. המזיד צריך, אפוא, לעלות למקדש ולסרב להקריב קרבן; רק כך הוא מזיד. אם הוא נותר בביתו אין הוא אפילו שוגג, ולא עבר כל עברה (להלן מ"ב). על כן אין מצב של מזיד, וחובת הכרת היא תאורטית בלבד. לפירוש הראשון במשנה אין אפוא ראיה, אף שהוא אפשרי מבחינה מילולית.
כרת היא הצורה המאוחרת, "פטור מכרת" או "חייב בכרת". אבל בחלק מכתבי היד ובכתב יד קאופמן "חייב בהכרת", שכן הכוונה שהאיש חייב במה שכתוב בתורה "...הכרת תכרת הנפש ההִ וא" (במדבר טו לא)7הפסוק עוסק במגדף ה', ונעשה לבניין אב לכל ענושי הכרת.. בעל מלאכת שלמה מעיר שיש המוחקים את המילה "כרת", וכך הגיה גם הרב יהוסף אשכנזי. אכן המילה "כרת" מיותרת, וסתם חייב או פטור בהקשר זה הוא פטור מכרת. עם זאת, אין למחוק מילה מהמשנה נגד כל עדי הנוסח.