רבי יהודה אומר בודקים אור לארבעה עשר ובארבעה עשר בשחרית ובשעת הביעור – רבי יהודה מחמיר מאוד בדיני חמץ ובבדיקתו ותובע שלוש בדיקות, ובמכילתא: "מכאן היה רבי יהודה אומר בשלשה פרקים בודקים את החמץ. אור לארבעה עשר, ובארבע עשר שחרית, ובעת הביעור" (מכילתא דרבי ישמעאל, מכילתא דפסחא פ"ז, עמ' 65). בשני התלמודים מובאים פסוקים לחיזוק דעתו של רבי יהודה (ירו', כז ע"ג; בבלי, י ע"ב). בירושלמי מובא גם החשש של רבי יהודה "שמא גררה חולדה", וכנראה זו הסיבה לבדיקות הנוספות. ברור שאין זה רק החשש ההלכתי אלא גם הרצון להדר במצווה, ובהתאם למגמה להפוך את בדיקת החמץ למעמד הלכתי עצמאי. בירושלמי ובבבלי מובאים פסוקים לחיזוק שיטתו של רבי יהודה, והדבר מהווה ראיה נוספת להפיכת בדיקת החמץ למעמד דתי עצמאי. בחירת שלושת המועדים אינה מקרית. כאמור, חכמים שאפו להרחיב את תחולת החג ולהפוך את יום י"ד למעין תוספת לחג. בהקשר זה מופיעים שלושת המועדים הללו: חצות היום, שהוא תחילת זמן הקרבת הפסח, הזמן שבו נאסרה מלאכה ואף עיקר מועד ביעור חמץ, כמו שנבאר להלן במשנה ד; הבוקר, או הנץ החמה, שהוא מועד איסור מלאכה לפי המקילים ולדעת בית הלל30להלן, פ"ד מ"א., והערב, שהוא מועד בדיקת החמץ ותחילת איסור המלאכה לדעת בית שמאי31שם, שם..
וחכמים אומרים לא בדק באור ארבעה עשר יבדוק בארבעה עשר – חכמים מסכימים עם אזכור שלושת המועדים, אך מדגישים שיש לבדוק חמץ בשנית רק אם שכח לבדוק בלילה, או שלא בדק בלילה מסיבה אחרת, אם לא בדק בארבעה עשר יבדוק בתוך המועד – אם אדם שכח או נאנס ולא בדק חמץ לפני החג – הוא חייב לבדוק במועד. יש להניח שאם ימצא חמץ, יצטרך לבערו. בשלב זה עדיין אין הפתרון של ביטול החמץ והפקרתו נחשב לדרך יעילה לקיום מצוות ביעור חמץ. מאוחר יותר, בתקופת האמוראים, יצטרף הביטול לדרכי ביעור החמץ, בתחילה כפתרון בדלית ברירה למי שנמצא הרחק מביתו ומאוחר יותר כנוהל קבוע המצטרף למעמד בדיקת החמץ. עדיין אין ביעור חמץ אלא ביעור ממש, בשרֵפה, או בדרך ממשית אחרת32רבי יהודה הוא המדגיש שאין ביעור אלא בשרֵ פה, וחכמים קובעים שכל זה לפני החג. אך לאחר שעת הביעור כל דרך טובה, ובלבד שהחמץ יושמד. ראו מכילתא דרבי ישמעאל, בא ח, עמ' 28-29.. תוך המועד – הוא הגדרת זמן כללית, ראשיתה ביום י"ד בצהריים וסופה בסוף החג. כך פירש הרי"ף, ואחריו סדרת ראשונים. אבל רש"י, הרי"ד ואחרים פירשו שהמועד הוא מועד ביעור חמץ33ראו הסברו של מהר"ם חלאווה.. כלומר, אם לא בדק בזמן יבדוק עד השעה השישית. לא בדק בתוך המועד יבדוק לאחר המועד – לרש"י לאחר מועד ביעור חמץ ועד סוף החג, ולרי"ף לאחר החג, כדי שלא יהיה בבחינת חמץ שעבר עליו הפסח.
עד כאן פירוש המשנה כפשוטה, וכן יוצא מהירושלמי, והוא כפירוש ראשון בתלמוד הבבלי. ברם, בתלמוד הבבלי מובא פירוש נוסף ולפיו לא נחלקו רבי יהודה וחכמים על מועד בדיקת החמץ, אלא שלרבי יהודה אין בדיקה לאחר כניסת המועד (צהרי יום י"ד בניסן), ולחכמים אם לא בדק בזמן יבדוק לאחר הזמן. רבי יהודה חושש מבדיקת חמץ לאחר הזמן, שמא ימצא חמץ ויאכל ממנו בטעות (בבלי, י ע"ב). הגאונים מזכירים טיעון נוסף, שאסור לבדוק חמץ בחג כדי שיבדוק אותו ערב החג34אוצר הגאונים לפסחים, עמ' 11-13.. חכמים אינם חוששים לגזֵרה זו, שהרי ברור שלפנינו אדם המקפיד לבער חמץ (רמב"ם). כל זאת לפי אותו היגיון האוסר על בניית סוכה בחג עצמו, כדי שיסיים אדם את כל הכנותיו ערב החג. מהתלמוד הבבלי אי אפשר להכריע האם רבי יהודה וחכמים חולקים רק על הבדיקה בחול המועד, או אולי הם חולקים על שני הנושאים (שלושה מועדי בדיקה, ובדיקה במועד עצמו). הגאונים פירשו, כאמור, שהמחלוקת היא רק על הנושא השני.
השאלה היא מה גרם לתלמוד הבבלי לפרש את מחלוקת רבי יהודה וחכמים לעניין הבדיקה במועד עצמו. הבבלי מביא ברייתא שמשתמע ממנה פירוש זה, אך דומה שעוד יותר מכך הביא לכך ניסוח המשנה. אמנם פשט דברי רבי יהודה מורה על שלוש בדיקות, וקשה לפרש את דבריו שאם לא בדק אור לי"ד יבדוק בבוקר וכו'. ברם חכמים מוסיפים שצריך לבדוק במועד, וכך נוצרה משנה המציגה מחלוקת שאינה מאוזנת, כאילו חכמים עוסקים בנושא אחר. יש להניח שכל אחד מהחולקים ניסח את דבריו בהקשר אחר, והעורך שכינס את המחלוקת שמר על הניסוח המקורי, וכך יצר מחלוקת שבה כאילו כל אחד עוסק בנושא אחר.
ומה שהוא משייר יניחנו בצינעה – חמץ שאדם הותיר אחרי בדיקת חמץ, ולפני שעת ביעור חמץ כמובן, יש להניחו במקום מוסתר (צנוע), כדי שלא תגררהו חולדה, או שיתפזר באופן אחר. משפט זה אינו תלוי במחלוקת רבי יהודה וחכמים, אלא חוזר לתחילת הפרק העוסקת בבדיקת חמץ בערב35ודאי שאין לפרש שמדובר בחג עצמו, וכאילו יש בכך היתר להטמנת חמץ, כפי שפירשו גאונים, ראו לוין, אוצר הגאונים לפסחים, עמ' 140-141 ;והתשובה בלשון התוקפנית שם, עמ' 10.. המשפט הוא כנראה לדעת הכול, וגם רבי יהודה יסכים לו, כדי שלא יהא צריך בדיקה אחריו.