לפי כתב-יד קופמן
האשה שיש עליה חטאת העוף בספק – ספק ילדה ספק הפילה, כאמור לעיל (פ"א מ"ד; פ"ה מ"ג ואילך), ועבר27בחלק מעדי הנוסח "שעבר", וראו אונא, וו שין. עליה יום הכיפורים חייבת להביא לאחר יום הכיפורים – אף על פי שיום הכיפורים מכפר על ספק (המשנה הקודמת). מפני שהיא מכשרתה לאכל בזבחים – הקרבן אינו רק לכפרה אלא הוא סיום ימי הטומאה, והוא אמור לפתור את בעיית "מחוסר הכיפורים", מעבר לטהרה. מן הסתם הוא הדין לקרבנות ספק נזירות וספק מצורע (בבלי, כו ע"א), שיש להם תפקיד דומה. עם זאת נשאלת השאלה מניין לחכמים הגדרה זו של קרבן החטאת של האישה. השאלה חוזרת כמובן לתורה עצמה, למה האישה חייבת בחטאת. באופן עקרוני איננו עוסקים בשאלה זו, שכן היא שאלה תאולוגית מקראית. עבור חכמי המשנה התורה היא נתון. אבל לאור ההגדרה במשנה יש לשאול כיצד פירשו חכמים לעצמם את חובתה של האישה.
לכאורה היה מקום לטעון שהאישה צריכה לכפר על החטא שבעצם קיום יחסי אישות. ואכן בבבלי אומר רבי שמעון בר יוחאי "יולדת חוטאת היא" (כו ע"א). ברם אין זה סביר שכך פירשו לעצמם רוב החכמים את קרבן החטאת, שכן לפחות לפי התפיסה השלטת בעולמם של חכמים מעשה אישות בהיתר לא רק שאינו אסור אלא הוא מצווה ("פרו ורבו"). על כן אולי יש להבין את פרשנותם מתוך ההשוואה למצורע. המצורע נטמא, ולסיום טומאתו הוא מביא קרבן. לגבי הנזיר אכן נחלקים חכמים מה מקור הקרבנות, ובדיונם הם מבטאים את יחסם לנזירות ואת ההסתייגות של חלק מהחכמים מתופעת הנזירות28ליחסם של חכמים לנזירות ראו במבוא למסכת נזיר. . הבבלי תולה את ההלכה בדרשת הכתוב המבטאת בדרך מדרשית את האבחנה שבמשנה: "לכל חטאתם ולא לכל טומאתם" (שם), כלומר יום הכיפורים מכפר על חטא ולא על טומאה. דרשה זו דומה לדרשות רבות בתלמוד הבבלי שבהן הדרשה היא צורה אחרת של הבעת הרעיון הפרשני או האבחנתי, וכשם שהמשנה מעדיפה שיח משפטי הבבלי מעדיף את השיח הדרשני, ואין זו אלא צורת שיח ולא דרשה המהווה הסבר או מקור להלכה.
אפשר גם שקרבן החטאת אינו בא מלשון חטא אלא מלשון ניקיון, כשם שלחטא פירושו לנקות. כלומר, הקרבן מקדש את האישה התקדשות שלא באה כתגובה למעשה חטא. מכל מקום, ההסבר ש"מכשרתה לאכל בזבחים" חוזר בירושלמי, והסוגיה שם מסיקה ממנו מסקנות נוספות (ירו', סוטה פ"ב ה"א, יז ע"ד).
המשנה קובעת שהקרבן לא בא לכפר על החטא אלא רק להכשירה לבוא למקדש ולאכול בזבחים. לכך יום כיפור אינו מספק. גם כאן עלינו להדגיש שזו תשובה שניתנה לאחר שהמקדש חרב, וממילא אין היא יכולה להביא קרבן.
חטאת העוף הבאה על ספק אם משנימלקה – עוף נמלק, והמליקה מקבילה לשחיטה, נודע לה – שלא ילדה, כלומר שהוולד היה נפל הפטור מקרבן, הרי זו תיקבר – לעיל במשניות א-ב נדון דינם של קרבנות ספק אחרים (אשם תלוי), ושם הוצאו שלוש הצעות (ירעה בעדר, ירעה עד שיסתאב ויימכר, יוקרב). בתוספתא שנינו: "האשה שהביאה חטאת העוף על ספק לידתה ונודע לה שלא ילדה, הרי זה חולי, תתננה לחברתה. ושילדה ודאי תעשנה ודאי, שממין שמביאה על לא הודע מביאה על הודע" (פ"ב הכ"א, עמ' 565). את פירוש המילים "הרי זה חולי" איננו יודעים לפרש. ברור שהתוספתא מדברת על מצב שהעוף טרם נמלק. במסכת תמורה שנינו: "...אשם תלוי ישרף, רבי יהודה אומר יקבר. חטאת העוף הבאה על ספק תשרף, רבי יהודה אומר יטילנה לאמה. כל הנשרפין לא יקברו, וכל הנקברים לא ישרפו, רבי יהודה אומר אם רצה להחמיר על עצמו לשרוף את הנקברים רשאי. אמרו לו אינו מותר לשנות" (פ"ז מ"ו). ה"אמה" היא אמת הביוב של המקדש. אם כן, עד עתה הוצעו חמש דרכים: קבורה, שרפה, שימוש על ידי חברה, זריקה לאשפה, ואף הייתה דעה שמותר לשנות. המחלוקת תיקבר-תישרף חוזרת בתוספתא לתמורה (פ"ד הט"ו, עמ' 556), ובהלכה שאחריה נוסף הסבר מהי הקבורה: "כיצד קוברין חטאת העוף? היו נותנין אותה על גבי אמת המים והיה מתגלגלת ויורדת לנחל קדרון. רבי ישמעאל ברבי יוחנן בן ברוקה אומר חלון היתה שם, למערבו של כבש, אמה על אמה, רבוכה היתה נקראת, ששם נותנין חטאת העוף, תעבר צורתה ותצא לבית השרפה" (פ"ד הט"ז, עמ' 556). אין מדובר בקבורה מפוארת אלא בהסדר הטמנה פשוט. את חטאת העוף, לפי תנא קמא, מניחים פשוט באמת הביוב של בית המקדש ומניחים לה להתגלגל בביוב ולהיטמא בו. המדובר בחטאת העוף, וקשה להניח שכך היו קוברים גם פרה שמתה. להערכתנו התוספתא אינה מפרשת את המשנה. כפשוטה, הנחה על האמה היא זריקה לאשפה. אלא שהתוספתא נרתעה מהסבר זה שיש בו זילות הקרבן, ולכן פירשה את המשנה בדרך הפירוש היוצר, בשונה מהכוונה המקורית. גם ההצעה ש"תעובר צורתה" שונה מסתם שרפה. המחלוקת תיקבר-תישרף חוזרת גם בספרא (צו פרשה ט ה"ה, לז ע"ב), וכנראה אלו שתי הדרכים העיקריות בהלכה המאוחרת של חכמים. כנגד זה התיאורים הקדומים מלמדים על יחס שונה, מזלזל יותר, והם נראים כרֵאליים.
מתוך העדויות השונות נראה להסיק שכנראה היו בימי הבית כמה דרכים להשמדת גופת העוף, ולא הייתה בכך הלכה קבועה. ההלכה המאוחרת דרשה שההשמדה תהיה מכובדת וטקסית וקבעה כללים חדשים (ותאורטיים)29ראו עוד תוס', נגעים פ"ט ה"ט, עמ' 626; נזיר פ"ו ה"א, ופירושנו לנגעים פ"ט מי"ג. . הלכה זאת איננה, אפוא, מסורת מימי המקדש, אלא ניתוח הגיוני של חכמים בבית המדרש שנקודת המוצא שלהם הייתה שהשמדת החטאת שאיבדה את תפקידה צריכה להיות מכובדת. יש להניח שהחסידים (ובית שמאי) שסברו שלא חייבת להיות זיקה בין חטא מסוים לקרבן היו מעדיפים הקרבת הקרבן אף על פי שהחטא כבר אינו קיים.
בבבלי מובאות הדעות השונות כעמדות אמוראיות. משנתנו מצוטטת אגב אורחא, וכאילו אין זה תלמוד למשנתנו אלא לסוגיה רחוקה שהאמורא הביא אליה את החומר ממשנתנו בשם רבי יוחנן (כו ע"ב). הבבלי מוסיף נימוק: "אמאי תקבר? לפי שאינה משתמרת... ומאי תקבר? מדרבנן" (שם). הבבלי חש אפוא שאין כאן הלכה של ממש, אלא דרך זהירות. אין בכך סתירה לעובדה שבספרא מצינו דרשות מהתורה ל"הוכחת" ההלכה30כלומר אפילו לפי הספרא ההלכה אינה נלמדה מהדרשות, והיא אינה "מדאורייתא" אלא חידוש של חכמים, ואין סתירה בין חידוש של חכמים לבין עיגונו בדרשות הכתוב. את עמדתנו ביחס לדרשות סיכמנו בקצרה במבוא לפירוש המשניות. .